К систематизации растений Линней подошёл более детально, чем к систематизации животных. Среди растений он выделил 24 класса. Линней понимал, что самая существенная и характерная часть растения — цветок. К 1-му классу он отнёс растения с одной тычинкой в цветке, ко 2-му — с двумя, к 3-му — с тремя и т. д. Грибы, лишайники, водоросли, хвощи, папоротники — в общем все, лишённые цветков, оказались в 24-м классе («тайнобрачных»).
Система Линнея была искусственна, т. е. построена на одном-двух почти случайно взятых признаках. Прочие признаки не принимались им в расчёт. Поэтому наряду со многими удачными сближениями рядом оказывались столь разные растения, как ряска и дуб, ель и крапива.
Однако, признавая заслуги Линнея, Климент Тимирязев назвал созданную им систему растительного мира «непревзойдённой в своей изящной простоте», «венцом и последним словом искусственной классификации».
Современные учёные-систематики учитывают то, чего Линней знать не мог: чем ближе виды стоят друг к другу в системе, тем более близкого общего предка они имеют. Такая система называется естественной.
Линней прекрасно понимал, что его система искусственна и временна. В книге «Основы ботаники» он сделал наброски новой, естественной системы растений, включавшей 67 семейств. Но он не успел довести до конца свой замысел.
Так или иначе, пусть пока и несовершенно, Линней привёл в порядок весь накопленный к тому времени и сильно запутанный материал. Он ввёл чёткие и единые правила описания животных и растений. В этом — его главная заслуга.
Линней так выразил своё кредо учёного: «Когда я впервые стал изучать природу, я увидел её
противоречие с тем, что можно было бы считать замыслом Творца. Я отбросил прочь предубеждения, стал во всём сомневаться, и тогда мои глаза впервые открылись, и я увидел истину». Большую часть своей жизни Карл Линней работал в Упсальском университете в Швеции. Он скончался 10 января 1778 г. До сих пор соотечественники Линнея бережно хранят память о нём.
Огромную работу проделал учёный за всю свою жизнь! Он не только описал около 10 тыс. видов, но и сам открыл около 1,5 тыс. из них. Его имя навсегда осталось в латинских названиях описанных им животных и растений.