До патриаршества Никона Аввакума сближало с ним единство взглядов. Доверяя Никону, Аввакум первый поставил свою подпись под челобитной царю с просьбой назначить Никона патриархом. Но не только единство взглядов роднило этих двух людей. Они были похожи и характерами. Аввакум был также противоречив и страстен. Он абсолютно не принимал своих противников, буквально ненавидел их, грозил им самыми страшными карами. Строгий к самому себе, он беспощадно преследовал всякое отступление от церковных правил. Из-за исправления нравов он вступал в постоянные конфликты как с паствой, так и с властями. Несколько раз его до полусмерти избивали разъяренные прихожане и духовенство. И в тоже время в посланиях к соратникам перед нами совершенно иной человек — добрый, нежный, отдающий всего себя заботе о своих ближних.
После избрания Никона патриархом их пути с протопопом разошлись. Аввакум стал во главе старообрядческой оппозиции никоновским реформам. И уже в сентябре 1653 года Аввакума бросили в тюрьму. Он был прикован цепями, его били и морили голодом. Только благодаря заступничеству самого царя, протопоп Аввакум был оставлен в живых и по указу Никона сослан на Дальний Восток. Во время 11-летней ссылки Аввакуму с семьей довелось вытерпеть невероятные лишения, голод, пережить смерть 2-х сыновей. Именно там, в Сибири родилась слава протопопа как героя и мученика за «старую веру».
Вернувшись в Москву, несгибаемый протопоп вновь восстал за старую веру, став духовным отцом многих московских «старолюбцев». Несмотря на уговоры и обещания со стороны властей, Аввакум относился к новым обрядам с прежней нетерпимостью. После тщетных увещеваний на Большом московском соборе его расстригли и прокляли. В ответ на это «поборник благочестивых отеческих догматов и атаман полка Иисусова», как называл себя Аввакум, тут же наложил анафему на всех присутствующих архиереев и трех патриархов. Уже позже Аввакум писал, что напрасно его отлучили от Церкви и назвали еретиком, так как «в таком случае подобной же участи заслуживают и все бывшие ранее русские иерархи и государи, державшиеся дониконовских обрядов». Расстрижение Аввакума было встречено большим возмущением и в народе, и во многих боярских домах. Даже при царском дворе в день его расстрижения было «великое нестроение» царицы с царем. Но и после проклятия светские и церковные власти не отказывались от мысли переубедить Аввакума. Однако он был тверд в своих убеждениях.