Профессор Аронакс, его слуга Консель и гарпунер Нед Ленд случайно попадают на подводную лодку, которую многие принимали за неизвестное и неисследованное животное, которое погубило большое количество судов. Они ничего не знают про владельца подводной лодки , кроме того, что он называет себя Капитаном Немо.
Профессор и его друзья вместе с Капитаном Немо исследуют морские глубины, находят подводный город и видят много интересного и необычного.