Царствовал с 19 мая 1606 года по 19 июля 1610 года. Обманом подготовилось его царствование: "В роковую ночь на 17 мая, многие, — говорит С. М. Соловьев, — были за Лжедимитрия; многие взялись за оружие при известии, что поляки бьют царя, прибежали в Кремль спасать любимого государя и видят его труп, обезображенный и поруганный не поляками, а русскими; слышат, что убитый царь был обманщик; но слышат это от таких людей, которые за минуту перед тем обманули их, призвав вовсе не на то дело. 17 и 18 мая сторонники Шуйского ликовали; но в храмах не смели петь благодарственных молебнов, масса московских жителей заперлась в своих домах и на ликование приверженцев Василия Шуйского отвечала молчанием. В эти же дни обнародованы мнимые показания Бучинских, поляков-кальвинистов, приближенных Лжедмитрия — показания, которые уже Карамзин признал вымученными или вымышленными. По этим показаниям названный Димитрий будто бы хотел избить всех бояр и обратить русских в латинство и лютеранскую веру. Карамзин, признавая легкомыслие самозванца, видел ясное измышление в этой нелепости. Двое из бояр, князь Василий И. Шуйский и князь В. В. Голицын, добивались престола; но сторона Шуйского взяла перевес. Избрание царя предстояло совершить Земскому собору. Борис Годунов не побоялся созвать Земский собор. За него были патриарх и консервативное большинство, боявшееся неурядиц. Годунова знала вся Восточная Русь, как умного, хорошего правителя. За Шуйского стояла только незначительная, но решительная партия в Москве и весьма значительная в Новгороде; но в остальной России его не знали, а во Пскове ненавистно было самое название его фамилии, так как еще живо было предание о жестокостях и корыстолюбии его дела, князя Андрея, наместника во время малолетства Грозного. Поэтому Шуйский, как заметил Соловьев, не мог, подобно Годунову, и решиться на созвание Земского собора, который, по всем вероятиям, его и не выбрал бы. И действительно, люди, боявшиеся смуты, требовали, чтобы на место низверженного патриарха Игнатия, приверженца названного Димитрия, выбрали нового патриарха, которого думали, до избрания законным порядком царя, поставить во главе временного правительства. Но этого-то и боялся Шуйский; его приверженцы 19 мая кричали на Красной площади, что царь нужнее патриарха, в чем никто не сомневался; думали только, что нужен царь, законно избранный Земским собором. Приверженцы Шуйского перекричали, и он был избран на престол. В записи, данной боярам, Василий И. говорил, что он целовал крест на том, чтобы без суда с боярами — бояр, гостей и торговых людей смертию не казнить и у семейств их имений не отнимать. О земском строе в записи нет на слова, зато велеречиво выставлено происхождение Шуйских от Кесаря Августа через Рюрика до прародителя их Александра Ярославича Невского. Это происхождение от Невского давало Шуйскому перевес над Василием Васильевичем Голицыным, происхождение которого от дочери Донского забыли, а происхождение его от Гедимина для русских не имело значения. Басня же о происхождении от Августа, сочиненная книжниками, по тщеславию была усвоена всеми потомками св. Владимира. — Все хитрости Василия Шуйского не могли укрыться от москвичей, и потому их должна была поразить окружная грамота царя, в которой он уверял, что его просили на престол митрополиты, архиепископы, епископы и весь освященный собор, также бояре, дворяне, дети боярские и всякие люди Московского государства (С. Г. Г. и договоров, № 149). Здесь Василий И. явно играл словами Московское государство, под которыми часто разумелась только Москва. — Вслед за грамотою царя послана была грамота от московских бояр, дворян и детей боярских, которая обясняла переворот в ночь на 17 мая и говорила, что царевич Димитрий подлинно умер и погребен в Угличе, ссылаясь на свидетельство матери и дядей царевича; на престол же сел Гришка Отрепьев (С. Г. Г. и Д., т. 2, № 142). Мать царевича, инокиня Марфа, в особой грамоте каялась, что она из страха признала самозванца за сына (С. Г. Г. и Д., т. 2, № 146). По городам и всюду, куда проникали эти грамоты, умы волновались; все в недоумении спрашивали: как могло случиться, что Гришка Отрепьев прельстил чернокнижеством и мать царевича, и всех московских правителей? Каким образом Москва, недавно радовавшаяся спасению царевича Димитрия, теперь извещает, что на престоле сидел чернокнижник, вор и самозванец, а не царевич? — "Так настало для всего государства, — говорит Соловьев, — омрачение, произведенное духом лжи, произведенное делом темным и нечистым, тайком от земли совершенным". Вдобавок пошли немедленно слухи о спасении царя Димитрия в ночь на 17 мая. Царь Василий, чтобы отклонить грозившую беду, велел с большим торжеством перенести тело царевича Димитрия из Углича в Москву, где и причислили царевича к лику святых.