В Париже изучал диалектику. Владел церковным приходом, в котором в возрасте 18 лет выступал с проповедями. По совету отца вернулся в Париж и начал учиться на юриста. Из Парижа Жан переезжает в Орлеан, где работает под руководством известного юриста Пьера Стеллы, а затем переезжает в Бурж, где миланский юрист Альциати читал лекции в Буржском университете. Под руководством Альциати изучал римское право. У Мельхиора Вольмара начал изучатьгуманитарные науки. После смерти отца он бросает занятия юриспруденцией. Вольмар посоветовал Кальвину изучатьтеологию.
Кальвин изучает Библию, труды реформаторов, включая Мартина Лютера. Кальвин не выходит из католической церкви, проповедует идеи очищения церкви. Окончил курс наук со степенью лиценциата. Летом 1531 года уезжает в Париж, где продолжает самостоятельное образование. Получал незначительные доходы от двух церковных приходов. Весной 1532 года публикует на собственные средства свой первый научный труд — комментарии к трактату Сенеки «О кротости». В1532 году получил в Орлеане докторскую степень.