Природоохранительными мероприятиями в бассейне Москвы-реки занимаются три московские организации: ГУП «Мосводосток» , МГУП «Мосводоканал» и ГУП ДЗ «Гидромост» . Средств на реализацию этих мероприятий расходуется порядка 4-5 млрд. руб в год.
В Москве создается единая система экомониторинга водных объектов. Ее создание позволит оперативно оценивать качество воды в Москве-реке и ее притоках, эффективно анализировать состояние водоемов, быстро реагировать на факты аварийного загрязнения и "залповые сбросы", а также выявлять источники загрязнения. Комплекс мер по охране, восстановлению и оздоровлению Москвы-реки, Яузы и других водных объектов города, а также благоустройство прилегающих к ним территорий, будет финансироваться из различных источников. Предприятия, установившие современные очистные сооружения, должны получать льготы по налогам, а загрязняющие природу - облагаться налогами с повышенными коэффициентами.
В Москве создается городская речная администрация для контроля за состоянием внешнего вида всех плавсредств, эксплуатируемых и базирующихся в акваториях столицы. решение об этом принято столичным Правительством в рамках программы по охране, восстановлению, оздоровлению Москвы-реки, Яузы, других водных объектов города и благоустройству прилегающих к ним территорий. Московской транспортной инспекции, объединению административно-технических инспекций (ОАТИ) и Госинспекции по маломерным судам поручено провести комплексную проверку всех специализированных предприятий, водных клубов и других баз отстоя флота (всех форм собственности) . Будет объявлен конкурс на выполнение работ по уборке акваторий водных объектов города и береговой полосы от плавающего мусора. Муниципальному предприятию "Мосводосток" поручено освоить регулярную санитарную очистку реки Яузы и работу по углублению дна и расчистке ее русла.
В самой столице проблемой охраны вод занимаются Правительство Москвы и экологический консультативный совет при мэре. Согласно проекту экологической среднесрочной программы на 2003-2005 гг. планируется сократить сбросы на 5 тыс. тонн в год, увеличить долю очистки поверхностных стоков, создать возле всех малых рек водоохранные зоны. Экспериментальное восстановление 16 водоемов началось уже в 2003 году.
С началом навигации 2008г. Департаментом природопользования и охраны окружающей среды возобновлены регулярные рейды природоохранного судна «Экопатруль» . На катере установлено самое современное подводное и навесное оборудование для экологического контроля и мониторинга водной среды. Фактически это настоящая плавучая лаборатория, работающая в непрерывном режиме реального времени. Во время рейдов особое внимание уделяется качеству воды в устьях рек, впадающих в Москва-реку, стокам промышленных предприятий и выпускам биологически очищенных вод станций аэрации.