На девятый день после кончины царя Федора Ивановича его вдова Ирина объявила, что отказывается от царства и уходит в монастырь. Дума, дворяне и все граждане уговаривали царицу не покидать престол, но Ирина была непреклонна в своем решении, оставляя власть боярам и патриарху до начала Великого собора в Москве всех чинов Российской державы. Царица удалилась в Новодевичий монастырь и приняла постриг под именем Александры. Россия осталась без власти.
Боярская дума стала решать, как ей поступить в сложившейся ситуации. Патриарх Иов обратился к Борису, назвав его свышеизбранным, и предложил ему корону. Но Годунов сделал вид, что никогда не мечтал о престоле, он так и не поддался уговорам, решительно отказавшись от престола.
Патриарх и бояре стали ждать Земского собора (Великого собора) , который должен был состояться в Москве через шесть недель после смерти царя Федора Ивановича. Государством правила Дума.
Государственный Земский великий собор начал работу 17 февраля 1598 года. Кроме знатных московских бояр на нем присутствовало более 500 выборных людей из разных областей России. Патриарх Иов доложил Собору, что государь умер, не оставив наследника, его супруга и Борис Годунов отказались править. Патриарх познакомил всех с мнением Московского собора о передаче власти Годунову. Государственный собор согласился с предложением московских бояр и патриарха.
На следующий день Великий собор, преклонив колена, молился в церкви Успения. И так продолжалось еще два дня. Но Борис Годунов, находясь в монастыре, все равно отказывался от царского венца. Царица Ирина благословила Бориса на царствование, и лишь тогда Годунов дал согласие царствовать, к всеобщей радости собравшихся. Патриарх Иов прямо в Новодевичьем монастыре благословил Бориса и объявил его царем.
Годунов начал царствовать, но еще был невенчанным государем. Венчание на царствование Борис решил отложить. Он давно знал, что хан Казы-Гирей снова собирается идти на Москву. Годунов приказал собирать войско и готовить все для похода против хана.
2 мая 1598 года Годунов во главе огромной рати вышел за стены столицы. На берегах реки Оки они остановились и стали ждать. Шесть недель простояли лагерем русские воины, но войска Казы-Гирея все не было.