Неживые: климатические (температура, влажность, освещенность и др)
топографические (рельеф и др)
Живые: животные
растения
микроорганизмы
человек и др
Думаю стоит учитывать как живые, так и неживые, потому что не стоит забывать о взаимоотношениях организов друг с другом (симбиоз, паразитизм и мн др)