В историографии существует две основные точки зрения по поводу непосредственной причины начала Ливонской войны. Согласно традиционному подходу, Иван IV отчётливо осознавал геополитические интересы России и действовал в полном соответствии с ними. Невыплата ливонцами «юрьевской дани» рассматривается как предлог к началу войны, а сама война как неизбежная закономерность. Ливонская конфедерация перестала существовать. Её территории перешли к Швеции, Дании и возникшему во время войны Польско-Литовскому государству — Речи Посполитой.
Россия была разорена, а северо-западные районы обезлюдели. Следует отметить и тот факт, что на ход войны и её итоги повлияли крымские набеги: из 25 лет войны в течение только 3-х лет не было значительных крымских набегов.
В январе 1582 года недалеко от Пскова было заключено 10-летнее Ям-Запольское перемирие с Речью Посполитой. Россия отказывалась от Ливонии и белорусских земель, но ей возвращались некоторые пограничные земли.
В мае 1583 года было заключено трёхлетнее Плюсское перемирие со Швецией, по которому в пользу последней уступались Копорье, Ям, Ивангород и прилегающая к ним территория южного побережья Финского залива, которые были возвращены при сыне Ивана Грозного — Фёдоре I Иоанновиче по итогам русско-шведской войны 1590—1595 годов.