При записи на новый жесткий диск файлы записываются последовательно расположенными кусочками (кластерами). Спустя некоторое время – после копирования, переноса, удаления папок и файлов и т.п. – эти самые кусочки оказываются разбросанными по жесткому диску, образуя, так называемые, дырки.
Сами файлы не повреждаются, просто их части записаны оказываются далеко друг от друга, в разных ячейках жесткого диска и в итоге, в процессе считывания файла головкой жесткого диска, ей приходится искать его фрагменты по всей поверхности, что замедляет работу. В качестве аналогии приведу пример:
У Вас есть конструктор. Изначально он упакован в коробку, где каждая деталь лежит рядом с деталью такого же цвета, размера и формы. Допустим, что эти (одинаковые) детальки даже изначально скреплены между собой и представляют собой одно целое (файл). Но, через некоторое время, после того как Вы много много играли с конструктором, строили и тд и тп, детали в коробке разъединились и перемешались Вашими же усилиями, а посему, чтобы найти нужную Вам, потребуется теперь больше времени, чем это было изначально, когда они были все рядышком друг с другом. Это и есть фрагментация - разные части одного целого находятся теперь в разных частях коробки, среди неидентичного содержания (т.е других по форме, цвету и тп деталек). Дефрагментация же представляет собой процесс сбора разбросанных частей (фрагментов) снова воедино