Для укрепления экономического положения государства правительство Годунова на церковном Соборе в 1584 г. добилось отмены податных льгот церкви и монастырей. В это же время проводится перепись земель для учета всего земельного фонда, в связи с чем запрещаются крестьянские переходы в Юрьев день, а в 1597 г. издается указ о пятилетнем сроке сыска беглых крестьян. Это было важным этапом в установлении крепостного права в России, укреплявшим тем самым экономическое положение служилого дворянства. Но крестьянин прикреплялся еще не к личности помещика, а к земле. Кроме того, прикрепление касалось только хозяина двора, но не его детей и племянников.
Стремясь ограничить экономическое могущество церкви, правительство Годунова, вместе с тем, заботилось о росте ее авторитета, что нашло выражение в учреждении в 1589 г. патриаршества в России (русская церковь добивалась этого с середины XV в.) . На церковном Соборе первым московским патриархом был провозглашен Иов - ревностный сторонник Годунова. Учреждение патриаршества делало русскую православную церковь юридически независимой от константинопольского патриарха.