Берега острова омывают воды Южно-Китайского моря, морей Сулавеси, Яванское, Сулу и проливов Макасарский и Каримата. К югу от Борнео лежит остров Ява, к западу - полуостров Сулавеси и остров Суматра, к северо-западу - филиппинские острова. Гора Кинабалу (4095 м), расположенная в штате Сабах на территории Малайзии, является самой высокой точкой острова, а также всей Юго-восточной Азии.