Все зависит от смысла.
Есть два варианта:
1. Казнить, нельзя помиловать. (повеление- казнить. помилование запрещено)
2. Казнить нельзя, помиловать. (Казнить запрещается, судья идет на помилование подсудимого или врага).
Исходя из этого, делается вывод: месторасположение знаков препинания влияет на смысл фраз.