Внешней оболочкой всех простейших является цитоплазматическая мембрана. Продвигаясь внутрь клетки у части простейших мы увидим пелликулу - структурированный верхний слой цитоплазмы, прилегающий к мембране. Пелликула придает простейшим определённую форму. Она есть у жгутиковых, у инфузорий. Если слоя пелликулы нет-форма тела будет непостоянная, как у амёбы.
Цитоплазма состоит из эктоплазмы (наружный слой) и эндоплазмы (внутренний слой). В эндоплазме располагаются все органеллы, такие как аппарат Гольджи, митихондрии, лизосомы, эндоплазматическая сеть. В цитоплазме имеются органеллы присущи только клеткам простейших животных - сократительные и пищеварительные вакуоли. Большинство простейших имеют одно ядро, которое может иметь гаплоидный или диплоидный набор хромосом. Жгутиконосцы имеют множество ядер, инфузории - два ядра