28 Июня 1858 года Шокан Яликханов начал свою вторую экспедицию. его караван состоял из 43 мужчин, 101 верблюда и 65 лошадей. Караван прибыл в Кашгар в 1858 году. Во время путешествий он собрал большое количество материала (знаний) о традициях и обычаях людей, в местах, которые он посетил.
Он вернулся в свой родной степной район по причине серьезной болезни в 1861 году. Он скончался 10 Апреля 1865 года в возрасте 29 лет. Его работы до сих пор популярны.