Шишка другого порядку є заплідненою, тобто зеленою і із закритими лусками, де відбувається дозрівання насінини. Насіння сосни сибірською не має крилоподібного виросту для легкого перенесення вітром. У насінині знаходиться первинний ендосперм, плівка і тверда оболонка