Принадлежал к роду Рюриковичей, происходя из той его отрасли, что некогда княжила в Нижнем Новгороде и Суздале. Родившись около 1553, он играл довольно видную роль в конце царствования Ивана Грозного, а после его смерти вместе с другими членами семьи Шуйских принял участие в интригах вокруг судьбы русского престола. Слабоумный сын Грозного, Фёдор Иоаннович, не имел наследников. По старшинству в династии Рюриковичей род Шуйских имел больше всего прав на занятие трона, однако при дворе возобладало влияние брата жены Фёдора Иоанновича, Бориса Годунова. В жестоком дворцовом соперничестве Годунов вначале оттеснил Богдана Бельского и семью бояр Романовых, а потом и фамилию Шуйских. Два самых видных её представителя – Андрей Иванович и герой обороны Пскова от поляков Иван Петрович – были сосланы и потом, как говорят, удавлены. Василия Ивановича, ставшего теперь главой своего семейства, Годунов оставил в Москве, но постоянно притеснял, даже не позволяя ему жениться и продолжить род. Именно Василию Шуйскому Борис поручил в 1591 следствие по делу о загадочной смерти в Угличе царевича Дмитрия. Убеждённость в том, что этого последнего наследника Грозного погубил Годунов с целью окончательно расчистить себе дорогу к престолу, была почти всеобщей, и Борис как бы в издёвку повелел главе своих прежних соперников, Шуйских, доказать обратное: царевич сам случайно убил себя, играясь с ножом. Побоявшись перечить воле Годунова, Василий привёл следствие к требуемому результату.
В 1604 году на южных границах недовольной правлением царя Бориса России появился самозванец Лжедмитрий I. Правительство объявило его расстригой Григорием Отрепьевым. Василий Шуйский в Москве по настоянию Годунова выходил на Красную площадь и убеждал народ, что настоящий царевич Дмитрий похоронен в Угличе. В начале 1605 Годунов назначил Шуйского командовать двинутой против самозванца армией. Хотя она насчитывала 70 тысяч солдат, Лжедмитрий с 15-тысячным войском едва не разгромил её у Добрыничей, но потерпел в итоге сильное поражение от далеко превосходной мощи вражеской артиллерии. Потрепанного самозванца было легко добить совсем, но Василий Шуйский и его товарищ, боярин Мстиславский, протянули время до весны в осаде городов Рыльска и Кром. Они поступили так, скорее всего, намеренно: видя, что трон Бориса сильно шатается, знатное дворянство возобновило подкопы под него.
В апреле 1605 Борис Годунов внезапно умер в Москве. Его неожиданную кончину многие приписывали отравлению. Царский трон занял его молодой и неискушённый сын Фёдор под регентством своей нелюбимой народом матери Марии, дочери свирепого опричника Малюты Скуратова. Вскоре после этого большая часть царских войск, двинутых против Лжедмитрия, перешла на его сторону. Шуйский и Мстиславский возвратились в Москву, где правление юного Фёдора Годунова уже едва держалось. 1 июня в столицу прибыли послы от самозванца и с Лобного места читали его обращение к народу. Московская масса, не зная, верить ли в то, что Лжедмитрий – настоящий царевич, послала за Василием Шуйским, и он на сей раз отвечал, что Дмитрий 14 лет назад в Угличе спасся от убийц, а вместо него был похоронен какой-то попович. Эти слова решили судьбу Годуновых. Толпа ворвалась в Кремль и низложила Фёдора и его мать. 10 июня их задушили.
Можно предполагать, что московское боярство из вражды к Годунову способствовало карьере самозванца ещё в Польше. По словам крупнейшего русского историка В. О. Ключевского, Лжедмитрий I был только «выпечен в польской печке, а заквашен в Москве». Низвергнув Годуновых, бояре достигли своей главной цели. В Лжедмитрии же они видели только простое орудие, рассчитывая быстро устранить его с дороги и посадить на трон человека из собственной среды. Родовитый Рюрикович Василий Шуйский был первым в числе претендентов на престол.