Различия: у амёбы нет постоянной формы тела, у эвглены - есть.
Питание амёбы гетеротрофное, эвглена - миксотроф.
Движение амёбы с помощью ложноножек, у эвглены - жгутик.
У эвглены есть стигма, клеточная глотка, хроматофоры, у амёбы-нет.
Амёба ведёт придонный ползающий образ жизни, эвглена активно передвигается в средней толще воды и на поверхности.