В изгнании Ян Гус написал свою главную работу – большое сочинение «О Церкви» , в котором критиковал всю организацию католической церкви и церковные порядки, отрицал особое положение папы, необходимость его власти, доказывал, что следует лишать священников светской власти и оставить им имущества столько, сколько необходимо для безбедного существования. Разоблачая гнилость церковных порядков, несоответствия между учением церкви и ее делами, Гус восставал одновременно и против сильнейшего представителя феодального общества, а тем самым обрушивался на основы феодального строя вообще. В конце концов Гус не избежал того, что его критика церкви переросла уже рамки клира и затронула светскую часть феодального общества. Критикую пороки церкви, он не только перечислял их, но и вскрывал их причины: "Конечно, корень всего зла есть любовь к деньгам", - писал он и призывал: "Покайтесь, грабители бедных людей, убийцы и воры и святотатцы! Бог проклинает вас!
Немецкое засилье вызвало недовольство чешских крестьян, мелких рыцарей, зажиточных мастеров и торговцев, а так же городской бедноты. Возникшие многоплановые противоречия усложнил церковный гнет со стороны немецкого епископства. При поддержке римского папы в Чехию хлынуло немецкое духовенство. Почти все епископы и монахи в Чехии были немцами. Церковные феодалы захватили около половины самых плодородных земель в стране. Значительную часть доходов, получаемых в Чехии, духовенство пересылало в Рим. Действиями католической церкви были недовольные как богатые мастера и торговцы, которым приходилось платить духовенству десятину и оплачивать церковные обряды, так и чешские феодалы, ждавшие удобного случая, чтобы округлить свои владения за счет церковных земель. И, разумеется, беднота, на которую лег весь груз тройного гнета - со стороны местных феодалов, чужеземных и церковных. Так католическая церковь в Чехии вызвала всеобщую ненависть. Народ, стремившийся сбросить ярмо векового рабства, выдвигал против бога господ своего бога, бога угнетенных, обездоленных и страждущих, справедливого евангельского Христа, требуя в то же время от церкви опрощения, возврата к бедности и простоте времен начального христианства.
В учении Яна Гуса Церковь увидела опасную ересь, и в 1414 году он был вызван в немецкий город Констанц на церковный собор, который собрался, чтобы положить конец расколу в Церкви и осудить ереси. Ян Гус, получив охранную грамоту императора Сигизмунда I, решил поехать в Констанц и отстаивать свои взгляды. Однако в нарушение всех обязательств он был заключён в тюрьму, в которой провёл 7 месяцев