Современная фауна рептилий значительно богаче фауны амфибий. Она насчитывает около 6300 видов. Это свидетельствует о том, что рептилии более полно овладели сушей, чем амфибии, став более высоко организованными наземными обитателями.Прежде всего, рептилии отличаются более развитой системой наземных органов дыхания. Легкие их заполнены губчатой тканью, и поэтому поверхность их, на которой происходит газообмен, сильно возрастает. Они глубже погружены в тело и больше изолированы от иссушающего действия окружающей среды, так как путь к ним удлиняется благодаря удлинению трахеи и появлению пары бронхов, отходящих от трахеи и направляющихся в легкие. Из бронхов воздух поступает в бронхиоли, тончайшие ветвящиеся ходы, пронизывающие губчатую ткань.
Дыхательные пути усложняются еще и в связи с развитием вторичного неба и отодвиганием хоан ближе к глотке. Воздух теперь не попадает в ротовую полость и движется самостоятельным путем к глотке, при этом глотание не мешает дыханию.
Легкие рептилий хорошо вентилируются благодаря тому, что вдох и выдох происходит у них при помощи изменения объема грудной клетки. Грудная клетка формируется ребрами, спереди прикрепленными к грудине, а сзади к позвоночнику. Отсутствие ребер определяет у амфибий и отсутствие грудной клетки и исключает возможность эффективного механизма вдоха и выдоха. Легкие рептилий полностью осуществляют газообмен с окружающей средой.