Микрофлора природных вод в значительной степени зависит от их происхождения. Различают воды: пресные поверхностные – проточные (воды рек, ручьев) и стоячие (воды озер, прудов, водохранилищ); подземные – почвенные, грунтовые, артезианские; атмосферные – дождь, снег; морские. По характеру использования различают воду питьевую (она бывает централизованного водоснабжения и местного, при котором забор ведется из открытых водоемов или подземных источников), воду плавательных бассейнов, лёд хозяйственный. Особого внимания с санитарной точки зрения требуют сточные воды– хозяйственно-фекальные, промышленные, смешанные (хозяйственно-фекальные и промышленные), талые и ливневые, микрофлора которых загрязняет природные воды. С экологической точки зрения всю микрофлору водоемов можно разделить на две группы – автохтонную и аллохтонную.