Право дать название новому небесному телу принадлежало обсерватории Лоуэлла. Томбо посоветовал Слайферу сделать это как можно скорее, пока их не опередили. Варианты названия начали поступать со всего мира. Констанция Лоуэлл, вдова Лоуэлла, предложила сначала «Зевс», потом имя своего мужа — «Персиваль», а затем и вовсе собственное имя. Все подобные предложения были проигнорированы.
Имя «Плутон» первой предложила Венеция Бёрни, одиннадцатилетняя школьница из Оксфорда. Венеция интересовалась не только астрономией, но и классической мифологией, и решила, что это имя — древнеримский вариант имени греческого бога подземного царства — подходит для такого, вероятно, тёмного и холодного мира. Она предложила это название в разговоре со своим дедом Фолконером Мэйданом (англ.), работавшем в Бодлианской библиотеке в Оксфордском университете — Мэйдан прочитал об открытии планеты в The Times и за завтраком рассказал об этом внучке. Её предложение он передал профессору Герберту Тёрнеру (англ.), который телеграфировал его коллегам в США.
Официально объект получил имя 24 марта 1930 года. Каждый член обсерватории Лоуэлла мог проголосовать по короткому списку из трёх пунктов: «Минерва» (хотя так уже был назван один из астероидов), «Кронос» (это имя оказалось непопулярным, будучи предложенным Томасом Джеферсоном Джексоном Си — астрономом с плохой репутацией) и «Плутон». «Плутон» получил все голоса. Имя было опубликовано 1 мая 1930 года. После этого Фолконер Мэйдан вручил Венеции 5 фунтов стерлингов в качестве награды.
Астрономическим символом Плутона является монограмма из букв P и L, которые также являются инициалами имени П. Лоуэлла. Астрологический символ Плутона напоминает символ Нептуна, с той разницей, что на месте среднего зубца в трезубце круг.
В китайском, японском, корейском и вьетнамском языках название Плутона переводится как Звезда подземного царя - этот вариант предложил в 1930 году японский астроном Хоэй Нодзири. Во многих других языках используется транслитерация «Pluto» (в русском языке — «Плутон»); однако в некоторых индийских языках может использоваться имя бога Яма (например, Ямдев в гуджарати) — стража ада в буддизме и в индуистской мифологии.