Во время Гражданской войны большинство казаков выступили против советской власти.
Казачьи области стали опорой Белого движения.
Крупнейшими антибольшевистскими вооружёнными формированиями казаков были Донская армия на юге России, Оренбургская и Уральская армии — на востоке.
В годы гражданской войны казачье население подверглось массовым репрессиям в ходе «беспощадного массового террора» , инициированного директивами ЦК от января 1919 года, подписанными председателем Оргбюро ЦК Я. М. Свердловым.
В особенности, массовый террор проводился по отношению к верхам казачества и казакам, «принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью» путём поголовного их истребления.
Много представителей казачества оказались в белоэмиграции.
Хотя многие казаки также были на стороне большевиков, но во время и после войны казачьи области подверглись крупным гонениям до середины 1930-х.
После окончания Гражданской войны в СССР на казачество были наложены ограничения по прохождению воинской службы в РККА.
И только 20 апреля 1936 года постановлением ЦИК СССР они были отменены.
Подробнее - Сергей Иванов. Трагедия казачества