Тема поэмы — изображение сильной, смелой, свободолюбивой личности, юноши, рвущегося на волю, на родину из чуждой и враждебной ему монастырской среды. Раскрывая эту основную тему, Лермонтов ставит и частные темы, представляющие различные её грани: человек и природа, связь человека с его родиной, с народом, тяжесть вынужденного одиночества и бездействия.
Лермонтов пронизывает всю поэму идеей борьбы за свободу, протестом против сковывающих человеческую личность общественных условий. Счастье жизни для Мцыри в борьбе за поставленную им себе цель — обрести родину и свободу.
Чтобы подчеркнуть эту целеустремлённость Мцыри, его верность до конца своей «пламенной страсти» к свободе, Лермонтов изменил историю жизни старика-монаха, положенную в основу сюжета поэмы: Мцыри умирает, потому что не может примириться с жизнью в монастыре.