Хламидомонады, наряду с другими зелеными водорослями, могут провоцировать «цветение» воды, иногда снега. Водоросли данного рода используются в очистных сооружениях, поскольку обладают способностью поглощать органические вещества, растворенные в воде. Хламидомонада является объектом исследования в генетических и биологических лабораториях, благодаря сравнительной простоте поддержания клеточной культуры. Эту водоросль также применяют для определения токсичности загрязненной воды.