Электролиз
Химические реакции
Испарение
Диффузия
Растворение
Радиоактивный распад
Броуновское движение... .
И куча других косвенных свидетельств
Посмотрите учебник физики и химии - там много чего есть, что основано на том, что вещество состоит из частиц.