Поэма в основном написана в форме исповеди главного героя. Она начинается прологом — описанием развалин древнего грузинского монастыря. В его душных кельях прошла жизнь пленного мальчика-горца (к моменту исповеди — юноши). Вкратце передается история недолгой жизни героя (появление в монастыре — побег — возвращение), и затем следует сама предсмертная исповедь Мцыри, в которой он объясняет старому монаху причину своего побега.
Мрачный монастырь, в котором жил Мцыри, был подобен тюрьме, и сам герой чувствует себя в нем пленником. Но, попав в монастырь, лишившись свободы, Мцыри не смирился; он говорит монаху:
Я мало жил и жил в плену.
Таких две жизни за одну,
Но только полную тревог,
Я променял бы, если б мог.
Герой «знал одной лишь думы власть, одну — но пламенную страсть»: страсть к свободе. Он мечтал о побеге, мечтал вернуться в свой родной аул, увидеть родных и близких. И в бурную ночь, когда бушевала гроза и монахи, в страхе «столпясь при алтаре», «ницлежали на земле». Мцыри бежал. Он чувствовал свое родство с грозной стихией:
...О, я как брат
Обняться с бурей был бы рад!
Глазами тучи я следил,
Рукою молнии ловил...
Упоение свободой придало ему необыкновенную силу. Встретившись с барсом, почти безоружный, он не бежит от могучего, грозного зверя, а вступает с ним в смертельную схватку.
Я ждал, схватив рогатый сук,
Минуту битвы; сердце вдруг
Зажглося жаждою борьбы
И крови...
Сцена битвы с барсом является ключевой в поэме: в ней раскрывается истинная сущность Мцыри — настоящего бойца, бесстрашного воина. Он, сложись его судьба немного по-другому, мог бы быть «в краю отцов не из последних удальцов». Из поединка с барсом Мцыри выходит победителем, но эта битва и блуждание по горам отняли у него все силы, и ему не удается найти дорогу на родину. После трех дней скитаний Мцыри оказался, сам того не желая, вновь у стен монастыря, где был найден и отнесен монахами в келью.
Перед смертью Мцыри никого не винит и никого не проклинает за свою загубленную жизнь. Он просит только, чтобы его перенесли в сад («Оттуда виден и Кавказ!»), и умирает с мыслью о любимой родине и свободе, которых так и не достиг.
Образ Мцыри был очень важен для Лермонтова. Можно сказать, что он является не только обобщением трагической судьбы всего лермонтовского поколения, но и воплощением авторского идеала. Побежденный физически, но не сломленный духовно, Мцыри олицетворяет собой торжество воли, устремленной к свободе. Преданность свободе делает образ Мцыри не только романтическим, идеальным образом, но и образом во многом героическим.