Важную роль в утверждении абсолютизма играла церковная реформа Петра. Во второй половине XVII в. позиции Русской православной церкви были весьма прочными, она сохраняла административную, финансовую и судебную автономию по отношению к царской власти. Последние патриархи Иоаким (1675-1690 гг.) и Адриан (1690-1700) гг. проводили политику, направленную на укрепление этих позиций.
Церковная политика Петра, как и его политика в других сферах государственной жизни, была направлена, прежде всего, на как можно более эффективное использование церкви для нужд государства, а если конкретнее - на выжимание из церкви денег на государственные программы, прежде всего на строительство флота (о "кумпанствах") . После путешествия Петра в составе Великого посольства его занимает еще и проблема полного подчинения церкви своей власти.
Поворот к новой политике произошел после смерти патриарха Адриана. Петр распоряжается провести ревизию для переписи имущества Патриаршего дома. Воспользовавшись информацией о выявленных злоупотреблениях, Петр отменяет выборы нового патриарха, поручая в то же самое время митрополиту Рязанскому Стефану Яворскому пост "местоблюстителя патриаршего престола". В 1701 г. образуется Монастырский приказ - светское учреждение - для управления делами церкви. Церковь начинает терять свою независимость от государства, право распоряжаться своей собственностью.
Петр, руководствуясь просветительской идеей об общественном благе, для которого необходим продуктивный труд всех членов общества, разворачивает наступление на монахов и монастыри. В 1701 г. царский указ ограничивает число монахов: за разрешением на постриг теперь нужно было обращаться в Монастырский приказ. Впоследствии у царя появилась идея использовать монастыри, как приюты для отставных солдат и нищих. В указе 1724 г. количество монахов в монастыре ставится в прямую зависимость от числа людей, за которыми они ухаживают.