Вся поэма делится на четыре главные части. Рассказ о жестоком управлении Гильгамеша в Уруке, о появлении второго героя Энкиду и о дружбе двух героев. Описание подвигов Гильгамеша и Энкиду. 3. Странствия Гильгамеша в поисках бессмертия. . Заключительная часть, содержащая беседу Гильгамеша с тенью умершего Энкиду.
Во вступлении автор ссылается на то, что Гильгамеш сам «высек на камне свои труды», в чем сказывается стремление автора подчеркнуть достоверность описанных в поэме событий.