Опасения России оказались отнюдь не беспочвенны —
на протяжении 17-18 веков казачество шло в авангарде мощных
антиправительственных выступлений, из его рядов вышли предводители
казацко-крестьянских восстаний — Степан Разин, Кондратий Булавин, Емельян Пугачев.
Велика была роль казаков во время событий Смутного времени в начале 17 века.
Поддержав Лжедмитрия I, они составили существенную часть его военных отрядов.
Позднее вольное русское и украинское казачество, а также русские служилые
казаки принимали активное участие в стане самых разных сил: в 1611 они
участвовали в первом ополчении, во втором ополчении уже преобладали дворяне, но
на соборе 1613 именно слово казачьих атаманов оказалось решающим при избрании
царя Михаила Федоровича Романова. Неоднозначная роль, которую играли казаки в
Смутное время, заставило правительство в 17 веке проводить политику резкого
сокращения отрядов служилых казаков на основной территории государства. Но в
целом российский трон, учитывая важнейшие функции казачества как военной силы в
пограничных районах, проявляло долготерпение и стремилось подчинить его своей
власти. Чтобы закрепить верность российскому престолу, цари, используя все
рычаги, сумели добиться к концу 17 века принятия присяги всеми Войсками
(последнее Войско Донское — в 1671). Из добровольных союзников казаки
превратились в российских подданных.