В начале 19 века Кыргызстан попадает во власть Кокандского ханства . Кокандский период .Байтик Батырвошел в историю Кыргызстана как период налогов, гнета, произвола, восстаний. Одним из главных руководителей борьбы против кокандского гнета был манап рода солто Чуйской долины Байтик Баатыр. В 1860 году принял подданство России. Он возглавлял восстания против кокандских завоевателей, учавствовал с русскими экспидиционными силами в разгроме крепостей Пишпек, Токмок, Мерке, Аулие-Ата. Был награжден орденом Станислава 3-й степени и золотой медалью с Анненской лентой. Особым указом царя Александра || был представлен к чину капитана российской армии
Торговые пути Восточного Туркестана проходили через Кыргызстан, и правители Кокандского ханства стремились установить свой контроль над ними. В этот период ислам стал распространятся особенно сильно. Кыргызы платили кокандскому хану подать. Не один раз кыргызский народ поднимал восстания. Осенью 1873 года южные кыргызы решают принять подданство России и тем самым избавится от кокандского гнета. Им было отказано в данной просьбе. Но после ряда неудачных восстаний кыргызского народа, российская сторона принимает решение ликвидировать Кокандское ханство путем присоединения его к составу России.
Уже к 60-м годам 19 века большая часть владений кокандского хана вошла в состав России. Южная часть Кыргызстана оставалась еще под гнетом Кокандского ханства . Одной из основных причин стремления южных кыргызов к принятию русского подданства было их желание воссоединиться с северными кыргызами. Россия отвергала все просьбы юга страны принять их в состав Российской империи. Объяснялось это тем, что российская сторона боялась восстаний и считала более целесообразным осваивать территории, уже приобретенные и удовлетворяющие потребности русской промышленности в рынках сбыта и сырья. Вхождение южной части Кыргызстана в состав России тесно связано с восстанием 1873-76 гг. , ликвидацией Кокандского ханства и присоединением его в состав России.
В то сложное время лидером южных кыргызов была Курманжан Датка. На протяжении 50-ти лет своего правления она боролась против раздробленности своего народа, против кокандского гнета. Заслужив уважение народа, была прозвана алайской царицей. 19 февраля 1876 года указом императора Александра Второго территория Кокандского ханства была присоеденина к России как Ферганская область в составе Туркестанского генерал-губернаторства. Таким образом завершилось присоеденение Кыргызстана к России.