В лице Иннокентия III папство выступило во всем блеске своего могущества. По своим личным качествам Иннокентий был выдающимся человеком своего времени. Он обладал железной волей, неукротимой энергией, был гибким политиком, любил поэзию и музыку, что свидетельствовало о его высоком образовании. Поэтому вступление на папский престол этого даровитого человека в 37-летнем возрасте не было случайным.
Иннокентий целиком усвоил воззрение Григория на государство как учреждение человеческое. Церковь он сравнивал с солнцем, государство - с луной. Как луна заимствует свой свет от солнца, и по величине и своим свойствам ниже солнца, так и королевская власть заимствует блеск своего достоинства у папской власти, Царь царей, Иисус Христос, учредил царство и священство таким образом, чтобы царство было священническим и священство царственным. Апостолу Петру Господь предоставил власть управлять не только Церковью, но и государством. Эти воззрения нашли полное выражение в деятельности Иннокентия, и он выступил, действительно, абсолютным монархом всего католического мира, уничтожал последние следы самостоятельности светской власти.
В Риме представителем императорской власти был префект, которого Иннокентий заставил присягнуть папскому престолу и принять из своих рук инвеституру не в форме меча - символа светской власти, а в форме мантии и серебряной чаши. От граждан города он также потребовал себе присяги. Из средней и южной Италии Иннокентий выгнал императорских феодалов и расширил владения церковной области.
В 1197 году, после смерти императора Генриха VI, он активно вмешался в борьбу за германскую корону. Поскольку наследнику императора было только три года, между германскими князьями произошли разногласия относительно нового императора. Из двух претендентов на корону, Оттона Саксонского и Филиппа Швабского, Иннокентий признал первого.
Но когда Оттон стал заявлять свои права на Италию и хотел подчинить своей власти и папскую область, папа отлучил его от церкви, лишил императорской короны и объявил немецких князей свободными от всяких обязанностей по отношению к императору. По указанию папы, императором провозглашен был Фридрих, сын Генриха VI.
Он показал свою силу и королю Франции Филиппу Августу, вмешавшись в его семейное дело. Папа потребовал, чтобы король сошелся с удаленной им в монастырь королевой Ингебургой и расторг свой брак с датской принцессой Агнессой. Чтобы сломить упорного короля, папа наложил интердикт на всю Францию со всеми последствиями этой ужасной меры.
Иннокентий установил также контроль над Испанией, Португалией, Венгрией, Польшей и скандинавскими государствами. Даже в славянских государствах - Далмации и Болгарии - утверждено было его господство.
Основанная в результате IV крестового похода Латинская империя в Константинополе послужила для Иннокентия опорным пунктом утверждения, хотя и временного, своего главенства и на Востоке. Таким образом, политика Иннокентия III завершила полный свой круг. Католический мир превратился в теократическую монархию. В сфере гражданского управления папа выступил высшим вершителем государственных вопросов. Цари и народы трепетали от папского гнева.
Правление Иннокентия III ознаменовалось созданием еще одного нововведения, на несколько столетий карающим мечом вошедшего в жизнь Европы - инквизиции. Этот священный трибунал, «Sactum oficium», непосредственно подчинялся папе и обслуживался монахами- доминиканцами. Инквизиции принадлежало право суда и расправы над всеми, заподозренными в ереси, без различия происхождения и пола. Инквизиция сыграла значительную роль в борьбе с иудаизмом, мусульманством, а также с протестантизмом.
В сфере церковного управления он фактически выступал не как наместник апостола Петра, а как наместник Иисуса Христа. На всех соборах, где присутствовал папа, начиная с Иннокентия, постановления выносились от его имени. Соборы имели только совещательное значение. Издание новых церковных законов и отмена прежних составляли теперь неотъемлемое право папы. Таким оставил после себя папство Иннокентий III, скончавшись на 55-м году жизни.