Енисей — основная водная артерия края.
Наиболее крупные притоки: Ангара, Подкаменная Тунгуска, Нижняя Тунгуска.
Наиболее мелкие реки: Чулым, Урюп, Сереж, Кемчуг, Большой Улуй, Пясина, Хатанга
Озера: Таймыр Пясино, Лабаз, Портнягино, Кокора.
Из пресных озер самые крупные: Малое, Большое Линево, Инголь, Сармоголь, Косоголь, Черное, Иткуль, Фыркал.
Горько соленые озера: Шира, Учум.
Подземные воды:Тунгусский артезианский бассейн в Эвенкии, Канский и Рыбинский в предгорьях Восточного Саяна, Чулымский и Енисейский артезианские бассейны находятся в центральных районах края. Подземные воды типа «Дарасун», обнаруженные в деревне Кожаны, используются теперь в бальнеологических целях на курорте «Красноярское Загорье».