По строению долины и русла, характеру течения Енисей делится на 3 основные части:
верхний Енисей – от слияния Большого и Малого Енисея в Тувинской котловине до выхода из пределов Западного Саяна в Минусинскую котловину, длиной 474 км
средний Енисей – до слияния с рекой Ангарой, длиной 876 км
нижний Енисей – от реки Ангары до устья, длиной 2137 км.
На протяжении первых 188 км (после слияния Большого и Малого Енисея) река течёт под названием Верхний Енисей в пределах северного борта Тувинской котловины, здесь она разбивается на рукава. В русле множество перекатов, ширина колеблется от 100 до 650 м; глубины на плёсах 4-12 м, на перекатах не более 1 м. После впадения слева реки Хемчик, Енисей поворачивает к северу и на протяжении 290 км прорывается через систему хребтов Западного Саяна. В этом месте Енисей течёт в узкой долине. В русле достаточно много порогов (Большой, Дедушкин, Джойский и другие) . У реки Казырсук расположен наиболее опасный Большой порог (длина 320 м) , скорость течения здесь составляет 6-8 м/с. После Большого порога находятся озеровидные плёсы, глубина реки в которых превышает 20 м.
Далее Енисей течёт по территории Минусинской котловины. Долина реки здесь становится шире, а в русле появляется множество островов. После впадения слева реки Абакан ширина долины становится 5 км, а русла более 500 м. Скорость течения реки в этом месте меньше 2 м/с. Ниже начинается Красноярское водохранилище (длина 360 км) . Глубина у плотины около 100 м. Между Красноярском и устьем Ангары долина Енисея вновь расширяется, а река теряет горный характер. Однако в русле всё ещё имеются подводные гряды. Одной из таких гряд образован Казачинский порог, длина которого составляет около 4 км. Ширина русла в этом месте 550-600 м (обычная ширина на этом участке 800-1300 м) . Порог является труднопроходимым.
Характер долины и русла Енисея меняется после впадения Ангары. Правый берег остаётся гористым, левый становится низким. Если выше впадения притока ширина русла Енисея составляет 800 м, то ниже – не менее 2000 м. Глубина также увеличивается до 10-17 м, а скорость течения, напротив, уменьшается до 0,8-1,1 м/с. Выше устья реки Подкаменная Тунгуска река вновь прорезает отроги Енисейского кряжа, образуя Осиновский порог. Ниже порога река проходит через горное ущелье, ширина русла здесь 740 м, а глубины возрастают до 60 м. Затем река в очередной раз разбивается на рукава, острова достигают длины 20 км.