Сюжет эпоса довольно сложен и построен на описании борьбы Урал-батыра за счастье людей, со злыми силами природы, воплощёнными в образах драконов (аждаха), дивов, змей и т. д. Персонажи сказания — богатыри и простые жители земли, небесные божества (небесный царь птиц — Самрау), злые силы природы, мифические существа. Здесь изображена судьба героев трёх поколений (старик Янбирде и старуха Янбика, их дети — Урал и Шульген, внуки — Яик, Идель, Нугуш, Сакмар) и, соответственно этому, состоит из трёх частей и сам эпос.
В первой части рассказывается о старике Янбирде и старухе Янбике, волею судьбы, оказавшихся на затерянной земле. Они занимаются охотой на диких зверей. От пожилых супругов рождаются два сына — Шульген и Урал, что является традиционным мотивом тюрко-монгольского эпоса. Янбирде сообщает детям тайну существования Смерти (Улем), которая убивает людей, зверей и всё живое на земле.
От белой лебёдушки Хумай (дочь Самрау), спасённой Урал-батыром, они узнают о существовании Родника жизни — Яншишмы. Янбирде советует сыновьям отыскать Яншишму и уничтожить Смерть. Первая часть завершается тем, что молодые батыры отправляются на поиски родника бессмертия.
Вторая часть сказания повествует о деятельности героев второго поколения — Шульгена и Урал-батыра. В ней подробно изображаются подвиги Урал-батыра и злодеяния его брата Шульгена, переметнувшегося в стан врагов. Заканчивается эта часть поражением дивов и драконов, возникновением в пучине моря гор из тел убитых героем врагов (Уральские горы), гибелью Урал-батыра за бессмертие природы [16].
Третья часть поэмы посвящена подвигам сыновей Урал-батыра, заселению уральской земли людьми, животными и птицами [17].