Успехи реформации и народные движения против церкви напугали и папу римского и феодальный мир Европы. К середине XVI в. от католической церкви отпали: Англия, Шотландия, часть Германии и Швейцарии. Реформация имела своих сторонников в Скандинавии, Польше, Венгрии, Франции, Италии, и даже в папских владениях было много сторонников ереси, а среди духовенства были сторонники реформы церкви и папства.
Папа и верхушка церкви совместно со всей феодальной реакцией, напуганной ростом массового движения, объединились для расправы с гуманизмом и ересью. Идеи, которые выдвигали гуманисты и передовые люди, — первенство разума, свобода совести, свобода научного исследования, ограничение феодальной власти церкви и реформа церковной жизни — вызвали ожесточенное сопротивление папства.
Для борьбы с прогрессивными движениями и наукой папство в XVI в. усилило инквизицию, создало орден иезуитов и пыталось укрепить свое положение в церкви с помощью созванного по требованию императоров и королей Испании, Франции и Германии Тридентского собора. Этот собор, созванный для реформы церкви, был так организован, что оказался выполнителем воли папы, и хотя заседал с перерывами восемнадцать лет (1545–1563 гг.), ноне посмел решить ни одного вопроса в духе малейшего ограничения папской власти. Путем подкупа, застращивания, угроз и прямого обмана папа и его ставленники добились от собора нужных им решений о неограниченности папской власти и против реформации.