Эту войну можно подразделить на несколько этапов:
Чешский период охватывает 1618-1623 гг. Он начинается с восстания в Чехии против Габсбургов. Иезуиты и ряд высших лиц католической церкви в Чехии были изгнаны из страны. Чехия вышла вторично из-под власти Габсбургов. Когда в 1619 г. Фердинанд 2 сменил на престоле Матвея, чешский сейм в противовес ему выбрал королем Чехии Фридриха Пфальцского, руководителя Евангелической унии. Фердинанд был низложен незадолго перед коронованием. В начале восстание развивалось успешно, но в 1621 г. в Пфальц вторглись испанские войска, помогавшие императору, которые жестоко подавили восстание. Фридрих бежал из Чехии, а потом и из Германии. Продолжалась война в Германии, но в 1624 г. окончательная победа католиков казалась неизбежной.
Второй, датский период войны составляют 1624-1629 гг. Против войск императора и Католической лиги выступили северо-немецкие князья и датский король, опиравшийся на помощь Швеции, Голландии, Англии и Франции. Датский период закончился занятием Северной Германии войсками императора и Католической лиги, выходом из войны Трансильвании и Дании.
На 1630-1634 гг. приходится третий, шведский период войны. В течение этих лет шведские войска вместе с примкнувшими к ним протестантскими князьями и при поддержки Франции заняли большую часть Германии, но все же получили поражение от объединенных сил императора и Католической лиги.
На 1635-1648 гг. приходится последний период войны, франко-шведский. В открытую борьбу против Габсбургов вступает Франция. Война принимает затяжной характер и длится до полного истощения участников. Франция выступила против Германии и Испании, имея на своей стороне многочисленных союзников. На ее стороне были Голландия, Савойя, Венеция, Венгрия(Трансильвания). Польша заявила о своем нейтралитете, дружественном Франции. Военные действия велись не только на территории Германии, но также и Испании, Испанских Нидерландах, в Италии, на обоих берегах Рейна. Союзники сначала не имели успеха. Состав коалиции был недостаточно прочен. Действия союзников были мало согласованы. Лишь в начале 40-х гг. перевес сил явно определился на стороне Франции и Швеции. В 1646 гг. французско-шведская армия вторглась в Баварию. Для венского двора становилось все более ясно, что война проиграна. Императорское правительство Фердинанда 3 было вынуждено пойти на мирные переговоры.
Переговоры, начавшиеся еще с июня 1645 гг., велись в двух городах Вестфалии - в Оснабрюке, где договаривались послы императора с послами шведского правительства и германскими протестантскими князьями, и Мюнстере, где императорские послы вели переговоры с Францией. Правительства тщательно следили за переговорами, а медлительность в их ходе позволяла главам государств посылать время от времени дополнительные инструкции и, меняя требования, нередко мешать своим дипломатам завершить уже начатый маневр, уже почти согласованную сделку. Претензии то уменьшались, то увеличивались, в зависимости от колебаний военного счастья. Зная о все ухудшавшемся положении друг друга, обе стороны как бы соревновались в выдержке. Но мир все-таки был заключен.
Вестфальский мир обеспечивал победителям значительные территориальные присоединения. Швеция получила Западную Померанию и часть Восточной Померании с городом Штеттином и островом Рюген, город Висмар с портом, архиепископство Бременское, но без города Бремена и епископство Верденское. Швеции была выплачена большая контрибуция. Франция получила Эльзас, но без города Стразбурга, и окончательное подтверждение прав на Лотарингию.
Внутри Германии увеличили свои владения Бранденбург, получивший Восточную Померанию, архиепископство Магденбургское и несколько других областей, Саксония, присоединившая к себе Лузацию, и Бавария, приобретшая верхний Пфальц. Вестфальский конгресс признал за имперскими князьями право самостоятельных дипломатических сношений с другими державами.
Таким образом, политическое расчленение Германии было санкционировано европейской дипломатией. Из других важных дипломатических актов Вестфальского конгресса следует упомянуть признание независимости Швейцарии и Голландии.