Из ежегодного урожая хлеба, исключая посевные запасы, половину хозяева должны были сдавать в запасный хлебный магазин, а другой половиной могли распоряжаться по собственному усмотрению. С расширением земледелия предполагалось прекратить отпуск из казны провианта сначала на семейства поселян, а затем и на самих хозяев и постояльцев; однако, эту меру удалось привести в исполнение только в южных военных поселениях, где было достаточное количество хорошей пахотной земли. В Новгородской губ. до устройства военных поселений крестьяне занимались преимущественно отхожими промыслами и торговлей. Стремясь развить земледелие, начальство военных поселений расчистило много пахотной земли из-под лесов, но эта мера не привела к цели, так как земля требовала постоянного удобрения, а у поселян было мало скота. Для обучения поселян улучшенным приемам сельского хозяйства в военных поселений Новгородской губернии водворили несколько семейств немецких колонистов, что стоило казне больших издержек и также не дало заметных результатов. В южных военных поселениях часть пахотной земли возделывалась общественным нарядом под засев пшеницы, которая продавалась и доставляла значительный доход. Большое количество лугов и пастбищ дало возможность завести в южных поселениях овцеводство и конские заводы, которые были назначены для ремонтирования всей поселенной кавалерии лошадьми; однако, вследствие злоупотреблений начальства, продававшего частным лицам лучших лошадей, конские заводы приносили казне чистый убыток и в 40-х годах были закрыты. В новгородском военном поселении был устроен небольшой завод, доставлявший верховых лошадей офицерам поселения. Капиталы военных поселений увеличивались с каждым годом; они составлялись из отпусков от казны на содержание и продовольствие поселенных войск, из сумм, выручаемых от продажи рекрутских квитанций, из сбережений от сбора на заготовление рекрутской одежды, из откупной суммы за продажу алкоголя в военных поселениях. К концу царствования Александра I капиталы военных поселений достигли 32 млн руб. На устройство военных поселений при Александре I было израсходовано до 26 млн руб. Между тем, комплектование армии недостаточно обеспечивалось военными поселениями, так как в некоторых округах число умиравших превышало число рождающихся. Новгородские и белорусские крестьяне до перехода в военные поселения бедствовали до такой степени, что всякая перемена должна была, по-видимому, улучшить их быт; но случилось иначе.
Организация сельских работ в военных поселениях была проведена плохо. Ни чиновники, ни сам Аракчеев не разбирались в сельском хозяйстве. Вся деятельность военных поселенцев жестко регламентировалась инструкциями без учёта сезонного характера работ. Работы предписывалось проводить строго по регламенту, не соотносясь ни с погодными условиями, ни с обыкновенным порядком, принятым в крестьянском хозяйстве. Для доступа к работам надо было получить пропуск. Например, чиновник просыпался в 11 утра, тогда как поселяне ждали его уже с 6 утра. Получив пропуск, поселяне отправлялись на покос, при этом, времени на работы оставалось мало. Часто по инструкции для покоса назначался участок, который по факту оказывался за 7-10 верст от поселения, в силу чего у поселян не было возможности выполнить работы должным образом. Возле Санкт-Петербурга крестьянство издавна промышляло охотой, рыболовством, мелким промыслом, кустарным производством, торговлей, так как земля была непригодна для возделывания. По учреждении военных поселений в этом регионе было предписано заниматься хлебопашеством, что привело к печальным последствиям – низкая урожайность разоряли поселенцев, нередки были случаи голода. Смертность превышала рождаемость. На севере военные поселения не выполняли свою основную задачу – поставку рекрутов для армии. Кроме того, в силу недоедания и непосильных работ военные поселяне не были эффективны в качестве солдат.