В слове пончик буква и обозначает мягкий согласный звук
Да, буква "И" обозначает мягкий ГЛАСНЫЙ звук, но она смягчает предыдущий согласный звук "Ч", стоящий перед ней. Но, звук "Ч" всегда мягкий, в независимости от гласных, стоящих после него.