В первую очередь от содержания кислорода, точнее от насыщения воды кислородом. Для животных чем больше насыщение воды кислородом, тем лучше. Именно поэтому перегретые воды небогаты органической жизнью, хотя исходя из температуры воды должно быть не так. А вот относительно холодные воды в зоне аппвеллинга (подъема холодных глубинных вод) очень богаты. Отсюда место Перу и Чили, занимаемое этими странами, в доле вылова рыбы в мире. Перу почти постоянно (кроме лет с Эль-Ниньо) находится в первой пятерке стран по вылову рыбы.
Во вторую очередь - от температуры воды. Но только в соотношении с содержанием кислорода. Переохлажденные, как и перегретые воды бедны жизнью, а наибольшая продуктивность характерна для зон океана, находящихся в умеренном климате.
В третью очередь - от скорости течения. Особенно это касается рек, там в местах, где скорость течения воды выше, там и количество организмов будет меньшим, или даже они будут отсутствовать.