Пришвин родился в родовом имении Хрущёво-Лёвшино, которое в своё время было куплено дедом, преуспевавшим елецким купцом Дмитрием Ивановичем Пришвиным. В семье было пятеро детей: Александр, Николай, Сергей, Лидия и Михаил.
Мать — Мария Ивановна (1842—1914, урожденная Игнатова). Отец будущего писателя Михаил Дмитриевич Пришвин после семейного раздела получил во владение имение Констандылово и денежные средства, водил орловских рысаков, выигрывал призы на конных скачках, занимался садоводством и цветами, был страстным охотником.
Отец проигрался в карты, ему пришлось продать конный завод и заложить имение. Он умер, разбитый параличом. В романе «Кощеева цепь» Пришвин рассказывает, как здоровой рукой отец нарисовал ему «голубых бобров» — символ мечты, которой он не смог достичь. Матери будущего писателя, Марии Ивановне, происходившей из старообрядческого рода Игнатовых и оставшейся после смерти мужа с пятью детьми на руках и с имением, заложенным по двойной закладной, удалось выправить положение и дать детям достойное образование.
В 1882 году Михаила отдали учиться в начальную деревенскую школу, в 1883 году он был переведён в первый класс Елецкой классической гимназии, за 6 лет учёбы дошёл только до четвёртого класса и должен был очередной раз остаться на второй год, но из-за конфликта с учителем географии В. В. Розановым из гимназии отчислен «за дерзость учителю». Братья Михаила учились успешно и получили образование: старший, Николай, стал акцизным чиновником, Александр и Сергей — врачами. В дальнейшем М. Пришвин, проживая у своего дяди — купца И. И. Игнатова в Тюмени, вполне показал умение учиться[5]. Заканчивал обучение в Тюменском Александровском реальном училище (1893 год). Не поддавшись уговорам бездетного дяди унаследовать его дело, продолжил образование в Рижском политехникуме, где 13 сентября 1893 года вступил в русскую студенческую корпорацию Fraternitas Arctica. За участие в деятельности студенческого марксистского кружка в 1897 году подвергся аресту и заключению. Находясь под следствием, он на год был заключен в одиночную камеру тюрьмы в Митаве. После освобождения уехал за границу.
В 1900—1902 годах учился на агрономическом отделении Лейпцигского университета, после чего получил диплом инженера-землеустроителя. Вернувшись в Россию, до 1905 года служил агрономом, написал несколько книг и статей по агрономии: «Картофель в огородной и полевой культуре» и друг