Основними положеннями філософської системи Сковороди є вчення про дві натури та три світи. Все на його думку розділялося на три види буття - світи:
1. Величезний, безкінечний - Всесвіт
2. Малий. Людський.
3. Символічний - Біблія
Три світи складаються з двох натур: видимої, чуттєвої, але не справжньої і не першої за суттю – створеного світу - і невидимої, духовної, вічної та чистої. Невидима натура - це Бог.