У плоских червей впервые среди многоклеточных животных появляется третий, средний, слой – мезодерма, участвующий в образовании органов и систем органов. Таким образом, плоские черви стоят на новом, более высоком уровне организации, по сравнению со всеми предыдущими животными.
Все органы плоских червей сформированы из трех слоев зародыша: наружного – эктодермы, внутреннего – энтодермы и промежуточного – мезодермы. Кожа и лежащие ниже слои мышц у них образуют сплошной чехол, покрывающий тело червя, который называют кожно-мускульным мешком.