В средневековой Руси главную роль в жизни нации играла церковь. Таким образом, после победы ислама в Золотой Орде, оставалось немного возможностей для прямого монгольского влияния на Русь в религиозной сфере.
Татаро-монголы были веротерпимы, не притесняли православную церковь (за время ига кол-во монастырей увеличилось в 2 раза). Следуя заповедям Ясы Чингисхана предшественники Менгу-Темира не включали русских настоятелей, монахов, священников и пономарей в число «сосчитанных» во время переписи. Теперь же были утверждены привилегии духовенства как социальной группы, включая и членов их семей. Монгольским чиновникам под страхом смерти запрещалось отбирать что-либо и требовать от духовенства выполнения какой-либо службы. К смерти приговаривался так же любой, кто был виновен в клевете и поношении греко-православной религии. Чтобы усилить действие хартии, в ней было помещено имя Чингисхана. В качестве благодарности за дарованные привилегии от русских священников и монахов ожидали, что они будут молить Бога за хана и его семью, за его наследников. Таким образом, была заложена основа церковного богатства, и с этой точки зрения, ярлык явился удачным внешнеполитическим шагом, поскольку обеспечивал, по крайней мере, до определенной степени, лояльность к монгольским ханам наиболее образованной социальной группы на Руси, которая пользовалась большим авторитетом среди народа.
Уровень процветания, достигнутый русской православной церковью к концу первого века монгольского владычества, чрезвычайно помог ее в духовной деятельности.
К 1380 году ситуация круто изменилась : большинство духовенства перестало поддерживать хана. Теперь уже церковь не призывала к смирению и терпимости по отношению к монгольским завоевателям, а чуть ли не объявляет священную войну им, благословляя князей на дела ратные во имя отечества. Но и у монголов изменилось отношение к русским священникам.
Народы во время феодальной раздробленности объединяла общая вера, церковь помогала объединению русских земель. Кафедра митрополита была перенесена в Москву – центр объединения русских земель.
Василий II отказался принять унию об объединении православной и католической церквей под властью Папы, заключенную во Флоренции в 1439г. митрополитом Руси греком Исидором под предлогом спасения византийской империи от завоевания османами. Исидор был низложен, на его место избран рязанский епископ Иона, кандидатуру которого поддержал Василий II. – усиление церкви, обретение ею самостоятельноси.