До 626 года до н. э. Вавилон находился под властью северного соседа Ассирии. Однако ассирийский наместник Набопаласар, из халдейского племени, решил отделиться от Ассирии и стать самостоятельным правителем. Вначале лишь северная часть Вавилонии была им покорена. Только к 615 году до н. э. удалось завоевать большинство всех вавилонских земель, в том числе крупные города Урук и Ниппур. Набопаласар способствовал падению Ассирии и разделению ассирийской территории вместе с мидийским правителем Киаксаром. При следующем нововавилонском царе Навуходоносоре II велись успешные войны с Египтом (большая часть Сирии и Палестины, а также вся Финикия были захвачены). В декабре 601 года до н. э. Навуходоносор II в союзе со скифами попытался напасть на сам Египет и подступил к египетской границе. В ожесточенном сражении египтянам удалось остановить врага, но после этого сражения фараон Нехо II был вынужден вообще отказаться от мысли в ближайшие годы вести борьбу с Вавилоном за азиатские провинции. Во время правления Навуходоносора II Иудея стала провинцией Нововавилонского царства. Два раза в 597 году до н. э. и 586 году до н. э. приходилось покорять Иудейскую территорию (в последний раз был разрушен Иерусалим)
После Навуходоносора II некоторое время происходили дворцовые перевороты, в результате которых к власти пришёл Набонид. В начале правления Набонида возвышается и становится сильной Ахеменидская империя. Вавилонский царь пытался вести войны с Киром II вместе с Лидией и Египтом. В 539 году до н. э. Вавилон был захвачен персами и вошёл в империю Ахеменидов. Падению Нововавилонского царства способствовало недовольное население державы, в частности, покорённые иудеи. С этого времени Вавилон прекратил своё существование как государство.