1 протон, 1 нейтрон и 1 электрон имеет АТОМ водорода, в молекуле же мы можем посчитать лишь электроны, взаимодействующие на внешнем энергетическом уровне, в данном случае взаимодействуют оба (2) электрона, которые единственные для обоих атомов. Это простое вещество (Н², двойка внизу), это ковалентная неполярная связь.