Нельзя отрицать, что помимо БЦБК, существует еще ряд угроз уникальному озеру, однако, стоит отметить, что комбинат все время был и остается крупнейшим загрязнителем озера.
а) Сбросы балластных вод с судов и загрязнение озера нефтепродуктами.
б) Неконтролируемый массовый туризм.
в) Загрязнение, поступающее со стоком р. Селенга (см. доклады МПР РФ «О состоянии озера Байкал и мерах по его сохранению»).
г) Атмосферный перенос загрязнений от Шелехов-Ангарского промышленного узла и г. Иркутск.
д) Загрязнение комунально-бытовыми стоками населенных пунктов, расположенных на берегах Байкала.
е) Браконьерство.
ж) Вырубка лесов в водосборном бассейне озера и лесные пожары.