Другим триумфом этого более «счастливого» периода его правления было присоединение Португалии. В 1578 году португальский король Себастьян I погиб во время североафриканской экспедиции. Филипп, основываясь на праве наследования по родству и на богатых подарках, которыми он оделил португальскую аристократию, решил захватить португальский престол. Среди португальцев возникла — весьма, впрочем, слабая — национальная партия, пытавшаяся оказать Филиппу вооружённое сопротивление; но испанская армия почти без борьбы заняла всю страну (в 1580 году), а спустя несколько месяцев португальские кортесы провозгласили Филиппа португальским королём.