Оно происходит от латинского cuculla «капюшон, куколь» . Через среднегреческий (κοῦκλα) это слово было заимствовано в древнерусском, откуда, в свою очередь, оно вошло в русский и украинский языки.
Скорее всего, связь между такими, на первый взгляд, разными "понятиями", как кукла (игрушка) и "капюшон" возникла через слово "кукольник", ранее обозначавшее "фокусник". В своих представлениях древние фокусники и бродячие артисты часто пользовались игрушечными фигурками людей и животных.
Немного о слове "куколь".
Куколь - ранее слово, обозначавшее капюшон, вид головного убора. Ныне это слово употребляется только в церковном лексиконе и обозначает верхнее облачение монаха великой схимы в виде остроконечного капюшона с двумя длинными, закрывающими спину и грудь полосами материи. Надевается поверх мантии.