Все ядра гипоталамуса располагаются в центральной зоне. Описаны 42 пары ядер, которые имеют обширные 2-х сторонние связи со спинным мозгом (с нейронами вегетативной нервной системы), ретикулярной формацией ствола, таламусом, подкорковыми ядрами, лимбической системой, корой головного мозга, а также тесные связи с эндокринной системой (гипофиз) — гипоталамус имеет отдельные связи с передним и задним отделами гипофиза: с аденогипофизом — через кровеносную систему (передняя гипофизарная артерия образует сеть общую для гипоталамуса и аденогипофиза); с нейрогипофизом — через аксоны ядер гипоталамуса (в составе задней ножки гипофиза — отростки супраоптических и паравентрикулярных ядер)